我們當前意識狀態的思維和行為是受潛意識支配的，更準確一點來說，這個身體和這種思維狀態的問題，是由潛意識散亂形成的。心物是一體的，在物質方面，道家的“大小周天”階段，利用微觀物質解決了潛意識散亂。這些在中國傳統文化中，很早就被古代修行人發現，記錄在經典中，本文僅側重於思維的潛意識方面作淺析。
實證與心理學的研究深度
潛意識散亂也有深淺之分，當前狀態的身心，有一部分受淺層次的潛意識散亂支配，有一部分受深層次的潛意識散亂支配，要解決這些潛意識散亂的問題，需要證入這些問題所對應的潛意識狀態。
心理學研究到了淺層次的潛意識，通過催眠等方法讓人進入淺層次的潛意識狀態後，能夠解決一部分身心問題。由於這些方法僅僅只達到靜中，處在我們實證學中的意識向潛意識轉化階段，並沒有完成這個轉化。這個階段包含了淺層次的潛意識散亂，在這裏能提取到一些早前的記憶，但催眠中的人仍然帶著當前狀態的思維特徵和情緒化反應，仍然是邏輯思維，沒有形成潛意識專注，只能解決淺層次的潛意識散亂帶來的問題，而且不穩定。如果催眠真能解決深層次的潛意識散亂，那就具備斷睡眠，斷飲食的功夫了。
我們意識狀態中更多的問題來自於潛意識深處,那裏只有通過實證才能達到。思維本體學研究當前與本質之間的思維演變規律，不但研究意識向潛意識轉化，還研究潛意識的深化。像遺傳等這類更大的問題，來自於深層次的潛意識散亂，要解決這些問題，需要通過實證證入較深的潛意識專注中。只要在坐上能證入決定我們這個身體的潛意識散亂階段，也就是道家的“大小周天”階段，就能夠從根本上改變身體。解決之後，這個身體在意識狀態中的所有疾病，包括睡眠、飲食等等，會全部得到解決。更深刻的潛意識能解決更高級、更究竟的問題，比如分段生死與變易生死的問題，所以古人說：我命由我不由天。
潛意識引導實證
實證人有什麼樣的觀念，坐上會自動朝那個方向用功和發展，這是潛意識引導的作用。比如，追求靜的人，坐上很快進入靜境；追求境界的人，一路上都是境界，很難前進。而當你掌握了正知正見，靜會朝專注發展，境界也很少，而且會善巧利用和正確處置，實證效率就很高。所以，理論學習是改造潛意識運行模式的主要方法。
為了確保觀念正確，自古以來的實證，都是必須學習理論的，古人甚至要學很久才開始實證，這一點值得我們急功近利的現代人學習和深思。通過認真、反復地學習，潛意識會得到改造。比如，清涼月老師講解“唯我獨尊”、條件論和心物一體等基礎理論，能讓學員們在潛意識狀態中找到“我”這個本體，從本體的角度實證；講解從如來藏出來以後的思維演變規律和回歸的路徑，能讓學員們在潛意識狀態中走在正道上；講解各種思維現象和物質現象，能讓學員們在潛意識狀態中正確應對和處置。
很多情況下，正確而深刻的理論理解能使潛意識在實證中發揮正確的引導作用，從而避免很多錯誤，少走很多彎路。當然，這裏講的“理解”，不是不明原理的迷信，而是一種科研態度。另外一種就是簡單的信任，是潛意識相應。真正學好了理論是可以減低執著心的，所以檢驗理論學習的成績，看看自己執著心的表現有沒有自然降低就知道了。
理論不但指導方向，更直接作用於實證方法，所有正確的實證方法都是為落實原理服務的，如果原理不明，僅僅操弄方法是達不到效果的，因為實證是修心，這一點是很多自認為方法熟練而實證不進階的實證人的困惑之所在。在正知正見指導下，實證的意識向潛意識轉化和深化的過程，就是解決潛意識散亂的過程。較淺層次的潛意識散亂，在完成轉化的前後就能得到解決，當潛意識深化到一定程度時，能徹底解決潛意識散亂，那個階段的實證人很多方面已經不同於常人。
實證是一個印證理論的過程，在一步一步獲得理論的印證中，那種心靈的震撼，會深深烙入潛意識。當然，如果口服心不服，甚至狐疑不信，潛意識是不會接受的，方法上也會不得要領，潛意識會仍然按照你錯誤的觀念運作。
潛意識改變生活
普通人的思維是非常散亂的，這一點從你系統地學習打坐的第一天開始，就會清晰的感受到。因為心物一體，生活中思維上的麻煩和身體的疾病，都與思維的頻率和思維的內容嚴格對應著。這種思維頻率和思維內容來自於潛意識中的同一個病根，就是潛意識散亂。要減少、減輕這些麻煩和疾病，就需要改造潛意識散亂。
真正的實證是不斷發現問題並解決問題的。實證人坐上逐步進入潛意識狀態，逐漸發現、認識並體驗到散亂，通過在觀念引導下的實證方法的應用，只需調整、覺知就可以解決實證中的問題。當潛意識越來越深後，坐上解決的實證問題就是生活中思維和身體的問題，就是你生活中思維和身體的問題的根源。尤其是在完成意識向潛意識轉化並穩定後，會取得階段性突破，身體和思維都會有非常明顯的變化。這是在深刻的潛意識狀態中對潛意識本身實施改造，改造的是意識的根，所以這種改造是深刻的。
精進的實證人能夠經常證入定中，所以他們發現，自己的思維、身體乃至生活都不知不覺發生了很大改變，身邊人也會發現這種改變，這是一種普遍的規律，在清涼月老師思維本體學這幾年的實證培訓班上，得到了幾百個入定學長的普遍驗證。這種改變不是裝腔作勢的造作，是一種受潛意識支配的自然流露，實證的進步伴隨著生活中性格情緒以及環境的改善，就是潛意識得到改造的結果。同時表現出生活中的改變與實證層次正相關的規律，實證進步越大、越穩定，實證人的性情乃至環境改變的幅度越大，越穩定和越深刻。
潛意識散亂是實證問題和生活問題的根源。通過改造潛意識所改善的生活狀態，只是實證進步中的一種附帶效應。對於想要改變自己身心狀態和生活際遇的人而言，實證改造潛意識是一種有效性可以驗證的方法。對於精進修行的居士來說，更是十分重要的實證結合生活的要點之一。